骨科

恶性纤维组织细胞瘤差异microRNA的筛选及靶基因和信号通路预测的研究

作者:王健,谷文光 来源:2015COA论文汇编 日期:2016-04-02
导读

            目的:应用差异基因筛选技术研究microRNA在恶性纤维组织细胞瘤(NMFH)中的差异表达,并基于基因本论(GO)分析及信号转导通路分析发现对肿瘤起核心调控作用的靶基因及起关键作用的信号通路。旨在明确NMFH的发生发展机制,为该肿瘤的治疗提供新的切入点。    方法:将NMFH1中分离出的ALDH+和ALDH-细胞作为实验组及对照组,使用随机方差模型(RVM)修正的T检验筛选两组之间的差异

   目的:应用差异基因筛选技术研究microRNA恶性纤维组织细胞瘤(NMFH)中的差异表达,并基于基因本论(GO)分析及信号转导通路分析发现对肿瘤起核心调控作用的靶基因及起关键作用的信号通路。旨在明确NMFH的发生发展机制,为该肿瘤的治疗提供新的切入点。

   方法:将NMFH1中分离出的ALDH+和ALDH-细胞作为实验组及对照组,使用随机方差模型(RVM)修正的T检验筛选两组之间的差异microRNA,并通过miRanda、

   Targetscan数据库预测其靶基因。对靶基因进行GO分析及信号转导通路分析筛选显著性变化的基因功能和信号通路。根据microRNA与基因之间的靶向关系、靶基因的信号通路分析构建靶向调控网络,找到核心调控的microRNA和被调控较多的信号转导通路。

   结果:1、实验共筛选出了47个差异microRNA,其中上调的16个,下调的31个,hsa-miR-4804-3p、hsa-miR-3191-5p、hsa-miR-206等基因在肿瘤干细胞中表达值最高。合并miRanda和Targetscan数据库得到的靶基因数目4589个,对其进行GO分析,提示差异microRNA调控的靶基因及其参与的生物学功能包括细胞增殖与活化、细胞凋亡、细胞周期、细胞黏附、细胞迁移等,在恶性纤维组织细胞瘤发生发展中发挥着重要的作用。通过对靶基因信号通路的富集分析及构建的调控网络,得到起关键调控作用的microRNA和被调控较多的信号通路,其中起最关键调控作用的是hsa-miR-340-5p,在信号转导通路中Metabolic  pathways 被microRNA调控的最多。

   结论:通过对恶性纤维组织细胞瘤差异microRNA、靶基因及信号通路预测的研究分析得出其中部分基因及信号通路在肿瘤的发生、浸润、转移等方面产生了作用,提示了调控靶基因的microRNA发挥着潜在的致癌基因及抑癌基因作用,也更加证实了恶性纤维组织细胞瘤的形成是多基因多步骤的过程,多个靶基因及信号通路的预测也为后续蛋白组学研究提供了理论基础及研究方向。

    

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